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Shinichi Kudo ist bei allem beliebt und die Frauenherzen liegen ihm zu Füßen. Er ist ein berühmter Schülerdetektiv! Aber seine eifersüchtige Sandkastenfreundin Ran Mori gefällt das nicht... Bei ihrem "Date" im Tropical Land passiert es... Shinichi ist gerade einer Organisation auf der Spur. Er verabschiedetet sich von Ran und schnüffelt den Verbrechern hinterher. Einer der Verbrecher erwischt ihn und schlägt ihn mit einer Stange nieder. Shinichi ist wehrlos und muss sich gefallen lassen, von Gin und Wodka ein unerprobtes Gift verabreicht zubekommen....
Als er aufwacht ist er ein kleiner Junge... Von nun an muss er sein Leben als "Conan Edogawa" leben. Er ist wieder 6 Jahre alt und muss die 1. Klasse der Teitan-Grundschule besuchen, aber im Geiste ist er immer noch ein Oberschüler. Mit seinen neuen Freunden ist er in einem Club, er heißt "Detektiv Boys". Im Laufe der Zeit kommt Shiho Miyano mit dazu, die Erfinderin des Gifts. Aber auch sie wurd dadurch verjüngt und muss nun als 6jährige "Ai Haibara" in die 1.Klasse gehen. Langsam kommen die beiden auf der Spur der schwarzen Organisation...